Application of Molecular Dynamics Methods to the Study of Biological Systems

Application of Molecular Dynamics Methods to the Study of Biological Systems

La aplicación de métodos de dinámica molecular (MD) para el estudio de sistemas biológicos. Esta tesis se centra en la aplicación tanto de dinámica molecular clásica como perturbación de energía libre (FEP) para estudiar sistemas biológicos tales como los receptores acoplados a proteínas G y los inhibidores de BACE1. La tesis se divide en 5 secciones, en primer lugar, una introducción donde se explica la evolución de la metodología de MD, en segundo lugar, una sección sobre métodos utilizados en esta tesis, la tercera sección se centra en el uso de simulaciones de MD para estudiar dos aspectos diferentes de los GPCR, oligomerización del tetrámero formado por receptores de adenosina y el mecanismo de activación por ligandos alostéricos dirigidos al receptor metabotrópico de glutamato 2. La cuarta sección se centra en la aplicación de FEP con el objetivo de diseñar nuevos inhibidores de BACE1 y poner en práctica esta metodología en un proyecto de desarrollo de fármacos realizado en colaboración con Janssen Pharmaceutica. La última sección resume las conclusiones alcanzadas. En general, se demuestra que los métodos de Dinámica Molecular, puede ser de gran valor para comprender los escenarios descritos a nivel molecular, y, en particular, las interacciones y los procesos dinámicos que se producen. Esto a su vez ayudará a la comprensión más detallada de la biología básica y el diseño de fármacos. El trabajo justifica aplicaciones futuras en estas áreas y continua la exploración de forma detallada de la influencia que los métodos MD y FEP pueden alcanzar.


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ISBN 9788449070167
Pages 275 pages
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